Les protéines sont les petites machines qui assurent presque toutes les fonctions dans notre corps. Pour bien fonctionner, elles doivent avoir une forme précise, un peu comme une clé qui doit parfaitement s’adapter à une serrure. Quand cette forme est altérée, cela peut entraîner des dysfonctionnements graves, comme c’est le cas dans de nombreuses maladies, notamment les maladies neurodégénératives comme Alzheimer ou Parkinson.
Comprendre la structure des protéines est donc essentiel pour mieux comprendre la santé et la maladie.

À l’Université de Lausanne, la Plateforme de Protéomique est un centre de compétences reconnu, spécialisé dans l’analyse des protéines sous toutes leurs formes. Depuis plus de 20 ans, elle propose des services de pointe allant de l’identification des protéines à l’étude de leurs modifications, de leurs interactions et de leur structure. Elle joue un rôle central dans la recherche biomédicale moléculaire en Suisse romande.
Cette plateforme est une infrastructure de service ouverte, accessible non seulement aux chercheurs de l’UNIL, mais aussi à ceux du CHUV, de l’EPFL, de l’UNIGE et d’autres institutions de l’arc lémanique. Elle permet ainsi de mutualiser des technologies de pointe et de favoriser les collaborations interdisciplinaires.

Ce projet vise à renforcer la plateforme en y intégrant un spectromètre de masse de nouvelle génération, indispensable pour explorer la structure des protéines avec une précision et une sensivité inégalées.
Ce nouvel appareil permettra d’analyser la composition et la forme des protéines, c’est-à-dire de comprendre comment elles sont organisées dans l’espace et comment elles interagissent entre elles. Pour cela, deux techniques complémentaires seront utilisées :
– La réticulation chimique, qui permet de repérer quelles parties d’une protéine sont proches l’une de l’autre, comme si l’on traçait des ponts entre les zones en contact.
– L’empreinte chimique, qui révèle quelles zones d’une protéine sont exposées à l’extérieur et lesquelles sont enfouies à l’intérieur.

Ces approches sont particulièrement utiles pour étudier des protéines dynamiques et/ou flexibles et suivre les changements de forme qu’elles subissent lorsqu’elles s’activent ou interagissent avec d’autres molécules. Ces techniques complémentent idéalement d’autres méthodes telles que la cryo-microscopie électronique.
En rendant ces technologies accessibles à l’ensemble des chercheurs de l’arc lémanique, ce projet renforcera les capacités de recherche collaborative dans la région et stimulera l’innovation scientifique au service de la santé.

Ce projet est rendu possible grâce au généreux soutien de la Loterie Romande du canton de Vaud.